Le Musée de la mémoire vivante entretien des ententes de partenariat avec des institutions et des organismes de vocations diverses. Ces partenariats mènent à des collaborations et donnent lieu à des réalisations innovantes.
À des fins de sécurité et dans un souci de conservation de certains de ses artefacts, le Musée de la mémoire vivante a conclu une entente avec les Archives de la Côte-du-Sud. Ainsi, le Musée confie aux Archives des duplicatas de sa banque de récits et témoignages, ainsi que des documents de diverses natures.
Le Musée reçoit en don des manuscrits, des photos, des cartes mortuaires. Cette collection est confiée aux Archives de la Côte-du-Sud. Les Archives possèdent l'expertise et les aménagements adéquats pour la conservation de ces artefacts dans des conditions ambiantes optimales. Le Musée demeure propriétaire de ce qui est déposé aux Archives et assuré que le tout traversera le temps sans dommage.
Outre sa mission muséale, le Musée de la mémoire vivante se veut un lieu d’échange, de discussion et de culture. C’est dans cette foulée que les Poètes de l’Amérique française et le Musée ont établi un partenariat pour la présentation au Musée de spectacles littéraires et musicaux de très grande qualité.
Le partenariat entre l’institut du patrimoine culturel de l’Université Laval (IPAC) et le Musée de la mémoire vivante a permis, à ce jour, la tenue au musée de trois écoles d’été et d’une conférence internationale regroupant des participants tant européens, africains que canadiens. Les écoles d'été sont des moments privilégiés où les enseignements et les expériences partagés par des gens exceptionnels, dont le regretté Michel Brault, André Gladu ou Dean MacCannell créent une effervescence d'idées constructives.
Le Musée de la mémoire vivante devient le siège social de la Société québécoise d’ethnologie ; il loge ses archives et met à sa disposition une salle où elle peut réunir ses membres de temps à autre ;
La Société québécoise d’ethnologie fait du Musée de la mémoire vivante son partenaire principal dans sa publication annuelle, Rabaska. Revue d’ethnologie de l’Amérique française ; le Musée de la mémoire vivante est également invité à y collaborer ;
Les deux organismes unissent leurs efforts en vue de développer des projets communs, conformément à leurs objectifs propres.
Dans le cadre des 150 ans du roman de Philippe Aubert de Gaspé, « Les anciens Canadiens » un colloque international a eu lieu au Musée à l'automne 2013. Ce colloque fut organisé en partenariat avec les professeurs Claude La Charité, titulaire de la Chaire de recherche du Canada en histoire littéraire à l’Université du Québec à Rimouski, et Julien Goyette, professeur au Département des lettres et humanités de la même université.
Benoît Grenier, professeur agrégé au département d’histoire de l’université de Sherbrooke, et le Musée de la mémoire vivante ont conclu un partenariat dans le cadre d’un projet de recherche dirigé par M. Grenier : « Les persistances du monde seigneurial après 1854 : culture, économie, société ». Les témoignages collectés à ce sujet par le professeur Grenier seront joints à la collection du Musée.